Au Honduras le climat est tropical, avec une saison sèche et une saison des pluies dans le centre-sud, tandis qu'au nord il y a une zone au climat équatorial, c'est-à-dire pluvieux toute l'année. En fait, les alizés du nord-est qui soufflent au cours des mois d'hiver, et déchargent l'humidité sous forme de pluie sur le côté nord. Quant à la température, il fait chaud toute l'année dans les plaines, tandis qu'il devient plus frais en fonction de l'altitude dans les régions montagneuses.

Au nord, la côte de la mer des Caraïbes, directement exposée aux alizés, est très pluvieuse tout au long de l'année, avec un total de 2.800/3.000 millimètres par an. Le reste du pays (principalement accidenté et montagneux, avec un petit tronçon sur la côte du Pacifique dans le golfe de Fonseca) est moins pluvieux (les précipitations vont de 900 à 2.000 mm par an) et connaît une saison sèche de novembre à avril, appelée el verano, et une saison des pluies de mai à octobre, appelée el invierno (qui malgré son nom est toutefois une période chaude et moite). La différence de climat entre les deux parties se reflète également dans la végétation: dans les zones de l'intérieur et dans le versant sud la savane domine, tandis que dans la partie nord il y pousse la forêt tropicale.
La prévalence des alizés du nord-est, les vents constants typiques des tropiques, rend l'air chaud et sec sur le versant du Pacifique, en particulier dans la saison sèche, parce que les vents qui descendent des montagnes se réchauffent, tandis que les côtes et les pentes du nord recevant les vents de la mer sont plus fraîches, mais aussi plus humides. En fait, la température moyenne quotidienne atteint même 30 degrés dans les mois les plus chauds (mars et avril) dans la plaine du sud, tandis qu'elle s'arrête à 28 °C dans la plaine du nord (dans la période mai-juin qu'ici est la plus chaude), mais en décembre et janvier la différence est encore plus remarquable: sur la côte sud la moyenne est autour de 28 degrés, tandis que sur celle de la Caraïbe on reste autour de 23/24 degrés.
Comme mentionné, le long de la côte des Caraïbes (ainsi que dans les îles des Caraïbes comme Guanaja, Roatán et Útila), exposée aux alizés du nord-est, il n'y a aucune vraie saison sèche, même si en général il y a une diminution des précipitations dans la période février-avril, et surtout en mars et avril, plus prononcée sur la partie est (département de Gracias a Dios), où on descend à 50/60 mm par mois. Sur la partie ouest la baisse de la pluviométrie est moins perceptible: à Tela et La Ceiba on arrive à 80/90 millimètres par mois. En mai, les pluies augmentent en fréquence dans l'ouest, et aussi en intensité dans le centre-est.
Ceci est la moyenne des précipitations à La Ceiba.
Précipitations moyennes - La Ceiba

La Ceiba	Jan	Fév	Mar	Avr	Mai	Jui	Jui	Aoû	Sep	Oct	Nov	Déc	Année
La Ceiba	J	F	M	A	M	J	J	A	S	O	N	D	An
Préc. (mm)	275	230	160	85	85	140	145	160	195	350	420	370	2625
Jours	16	11	8	6	9	16	19	20	18	20	19	17	179

Dans cette zone du nord les records de pluie sont élevés toute l'année, ce qui signifie que, parfois, il peut pleuvoir beaucoup même pendant les mois qui seraient normalement les moins pluvieux, en tout cas normalement la période la plus pluvieuse va d'octobre à décembre dans la partie occidentale (à Tela il tombe 400 mm par mois pendant cette période), tandis qu'elle va de juin à juillet à l'est (à Puerto Lempira dans ces deux mois il tombe plus de 400 mm par mois).
Voici les températures moyennes de La Ceiba.
Températures moyennes - La Ceiba

La Ceiba	Jan	Fév	Mar	Avr	Mai	Jui	Jui	Aoû	Sep	Oct	Nov	Déc
La Ceiba	J	F	M	A	M	J	J	A	S	O	N	D
Min (°C)	19	19	20	21	22	23	22	22	22	21	20	19
Max (°C)	27	27	29	30	31	31	31	31	31	29	28	27

À La Ceiba le soleil dans l'ensemble brille pendant un nombre décent d'heures dans la longue saison des pluies (au moins si l'on considère la fréquence des précipitations), tandis qu'il brille assez souvent dans les mois les moins pluvieux, de février à mai.
Ensoleillement - La Ceiba

La Ceiba	Jan	Fév	Mar	Avr	Mai	Jui	Jui	Aoû	Sep	Oct	Nov	Déc
La Ceiba	J	F	M	A	M	J	J	A	S	O	N	D
Soleil (heures)	6	7	7	8	7	6	6	7	6	5	5	5

Sur le versant sud et dans et les régions intérieures, où la saison des pluies va de mai à octobre, il y a une certaine diminution des précipitations en juillet et août, de sorte que les mois les plus pluvieux sont mai-juin et septembre-octobre.
La capitale du Honduras, Tegucigalpa, se trouve dans les tierras templadas, à 1.000 mètres au-dessus du niveau de la mer, et connaît un climat beaucoup plus agréable que les villes situées dans la plaine: normalement les températures diurnes vont de 25 degrés en décembre à 30 °C de mars à mai. Il est rare qu'il fasse très chaud, sauf en mars et avril quand on peut toucher les 35 degrés. Voici les températures moyennes.
Températures moyennes - Tegucigalpa

Tegucigalpa	Jan	Fév	Mar	Avr	Mai	Jui	Jui	Aoû	Sep	Oct	Nov	Déc
Tegucigalpa	J	F	M	A	M	J	J	A	S	O	N	D
Min (°C)	14	15	16	17	18	18	18	18	18	18	16	15
Max (°C)	26	27	30	30	30	29	28	29	29	27	26	25

Les précipitations totalisent 870 millimètres par an, dont plus de 120 mm dans les quatre mois les plus humides (qui, comme nous l'avons dit, dans cette zone sont mai-juin et septembre-octobre). De novembre à la mi-avril, il pleut très rarement.
Voici la moyenne des précipitations.
Précipitations moyennes - Tegucigalpa

Tegucigalpa	Jan	Fév	Mar	Avr	Mai	Jui	Jui	Aoû	Sep	Oct	Nov	Déc	Année
Tegucigalpa	J	F	M	A	M	J	J	A	S	O	N	D	An
Préc. (mm)	5	5	10	45	145	160	80	90	175	110	40	10	870
Jours	1	1	1	2	9	12	9	9	13	10	4	2	73

Le soleil à Tegucigalpa brille un peu plus souvent que sur le côté nord, puisque il pleut moins et la saison sèche est plus longue.
Ensoleillement - Tegucigalpa

Tegucigalpa	Jan	Fév	Mar	Avr	Mai	Jui	Jui	Aoû	Sep	Oct	Nov	Déc
Tegucigalpa	J	F	M	A	M	J	J	A	S	O	N	D
Soleil (heures)	7	8	9	8	7	6	6	7	6	6	7	7

Le site archéologique maya de Copán se trouve à 700 mètres au-dessus du niveau de la mer, il est donc un peu plus chaud que la capitale: les températures diurnes vont de 26 degrés en décembre à 31 °C en avril.
Au-dessus de 2.000 mètres, la température nocturne peut être froide, surtout dans la période de novembre à mars, tandis que dans les sommets à plus de 2.500 mètres il peut faire froid même pendant la journée.



Parfois, de décembre à mars le Honduras peut être atteint par des masses d'air frais en provenance des États-Unis, et dans ces cas, pendant la nuit la température peut descendre à environ 10 degrés à Tegucigalpa et autour de 13/15 degrés dans les plaines.

Pour la baignade, la mer est assez chaude tout au long de l'année: la température de l'eau varie entre 27 °C et 29 °C, comme on peut le voir dans la température de la mer près de l'île de Roatán.
Température de la mer - Roatan

Roatan	Jan	Fév	Mar	Avr	Mai	Jui	Jui	Aoû	Sep	Oct	Nov	Déc
Roatan	J	F	M	A	M	J	J	A	S	O	N	D
Mer (°C)	27	27	27	28	28	29	29	29	29	29	28	27

Le Honduras est situé dans la trajectoire des ouragans, qui peuvent frapper le pays dans la période de juin à novembre, bien qu'ils soient plus probables d'août à octobre. Normalement, ils viennent de l'est, de la mer des Caraïbes, mais parfois des dépressions tropicales peuvent également se former sur l'océan Pacifique, ce qui peut affecter particulièrement la partie occidentale du pays, déjà dès la mi-mai, comme cela s'est produit avec la tempête tropicale Aletta à la fin de mai 1982, et l'ouragan Adrian à la mi-mai 2005. Un ouragan particulièrement destructeur a été Fifi en septembre 1974, un autre a été Mitch à la fin d'octobre 1998.


Le meilleur moment pour visiter le Honduras est de décembre à la mi-avril sur le côté sud, à Tegucigalpa et dans les régions intérieures, alors qu'il correspond seulement à la période de février à avril dans la côte la plus humide du nord, et même dans les petites îles des Caraïbes appartenant au Honduras (dont le plus important est Roatán).


Pour Tegucigalpa et les tierras templadas: toute l'année, des vêtements légers, un sweat-shirt ou un pull, une veste pour le soir de novembre à mars; parapluie ou imperméable de mai à octobre.
Pour les plaines et les côtes: des vêtements légers, un sweat-shirt pour le soir de décembre à mars; de mai à octobre, des vêtements légers, un sweat-shirt léger et un imperméable léger pour les orages (ces derniers sont utiles toute l'année sur la côte nord).
Pour le récif, équipement de plongée, chaussures d'eau ou avec semelle en caoutchouc.
Pour la haute montagne: vêtements chauds, blouson, chaussures de randonnée.