Le climat de Beja est méditerranéen, avec des hivers doux et assez pluvieux, et des étés chauds et ensoleillés.
La ville est située dans le sud-est du Portugal, à une altitude de 245 mètres. En été, c'est souvent la ville la plus chaude du pays. En un an, il y a 80 jours à plus de 30 °C. De juin à septembre, on peut atteindre et dépasser les 40 °C. Le record de froid (de la période 1971/2000) est de -3,2 °C, le record de chaleur est de 45,2 °C.
La température moyenne du mois le plus froid (janvier) est de 9,6 °C, celle du mois le plus chaud (août) est de 24,3 °C. Voici les températures moyennes.

Les précipitations totalisent 570 mm par an : elles sont donc à un niveau intermédiaire. Dans les mois les moins pluvieux (juillet, août) il tombe 5 mm de pluie, dans le plus pluvieux (décembre) il tombe 100 mm. Voici les précipitations moyennes.

Il y a en moyenne environ 2 970 heures de soleil par année : par conséquent, l'ensoleillement est très bon. Voici la moyenne des heures d'ensoleillement par jour.

Quand partir

Les meilleurs moments pour visiter Beja sont le printemps et l'automne, soit de la mi-avril à la mi-juin, et de septembre au début octobre. En juin, le temps est souvent agréable, mais parfois il peut faire très chaud, surtout dans la seconde moitié du mois.
En été, lorsqu'il fait trop chaud, on peut s'échapper à la mer. La mer est toujours fraîche pour la baignade, mais la température de l'air est généralement agréable et parfois même fraîche, surtout sur la côte ouest (voir Sines).