Le climat d'Ishigaki est sub-tropical, avec des hivers très doux, et des étés longs, moites et pluvieux.
Ishigaki est la plus importante des îles Yaeyama, un archipel des îles Ryukyu du sud, qui est situé à l'est de Taïwan, et sur le plan administratif fait partie de la préfecture d'Okinawa. D'autres îles des Yaeyama sont Iriomote, Taketomijima, Kohamajima, Hatoma, Yubujima, Hateruma (l'île habitée la plus méridionale du Japon), et Yonaguni (la plus à l'ouest). La latitude de ces îles est très faible, juste au nord du tropique du Cancer. À proximité des îles il y a un récif de corail.
Voici les températures moyennes.

Bien que l'hiver soit très doux, le ciel est souvent nuageux et les périodes de mauvais temps, avec le vent et la pluie, sont assez fréquentes. Parfois, surtout en janvier, il peut y avoir des jours très frais, avec des maximales autour de 16 °C ou moins, et des minimales d'environ 10 degrés.
Le long été est étouffant, avec des pluies assez fréquentes, et parfois abondantes. La première période de la saison des pluies, appelée des prunes (Baiu), ici arrive un mois plus tôt par rapport aux îles principales du Japon, de sorte qu'elle se produit en mai et en juin, bien que, entre une averse et l'autre, le soleil puisse sortir, surtout en juin. En juillet, il y a une pause relative, ainsi, les pluies diminuent, et l'ensoleillement devient assez bon.
Voici la moyenne des heures de soleil par jour.

Dans la deuxième partie de l'été (août, septembre et début octobre), les pluies augmentent à nouveau, mais l'ensoleillement reste dans l'ensemble décent, au moins jusqu'en septembre. Si tout va bien, une semaine peut passer sans pluie, sinon, il peut y avoir des périodes de mauvais temps, ou même des typhons.
En fait, de juin à octobre, avec un maximum d'août au début octobre, Ishigaki peut être affectée par les typhons, les cyclones tropicaux de l'Asie du sud-est, qui peuvent apporter des vents forts et des pluies torrentielles.
Voici les précipitations moyennes.



La mer à Ishigaki n'est jamais froide, en fait, la température descend jusqu'à un minimum de 23 °C en février, donc si vous voulez vous pouvez essayer de vous baigner même en hiver, alors qu'elle devient très chaude en été.