Le climat de San Javier est méditerranéen, avec des hivers doux et relativement pluvieux et des étés chauds et ensoleillés. Les pluies sont rares.
La ville est située sur la côte sud-est de l'Espagne, dans la province de Murcie, sur la Costa Cálida. La côte est fermée dans un lagon, appelé Mar Menor, qui est séparé de la mer par un cordon littoral, appelé la Manga.
La température moyenne du mois le plus froid (janvier) est de 11 °C, celle du mois le plus chaud (août) est de 26 °C. Voici les températures moyennes.

Les précipitations totalisent 310 mm par an : elles sont donc faibles. Dans le mois le moins pluvieux (juillet) il tombe 2 mm de pluie, dans le plus pluvieux (novembre) il tombe 45 mm. Toutefois, bien que ce soit une zone aride, la côte de la province de Murcie peut à l'occasion être affectée par de fortes pluies et concentrées dans le temps, ce qui peut conduire à des inondations, surtout en automne. Voici les précipitations moyennes.

L'hiver, de décembre à février, est doux, et se caractérise par des périodes ensoleillées, alternant avec des périodes de mauvais temps, avec le vent et la pluie, qui sont cependant assez rares.
Il y a plusieurs beaux jours, lorsque la température diurne atteint 18/20 degrés, même en hiver. Avec le vent d'Afrique, elle peut au contraire dépasser 20 °C. En janvier 2012, elle a atteint 25 °C, et début février 2020, même 28,5 °C.
Il est très rare qu'il fasse très froid, cependant, il peut y avoir des périodes, généralement courtes, pendant lesquelles la température nocturne tombe à zéro ou un peu au-dessous, tandis que pendant la journée, elle oscille autour de 8/10 degrés. Pendant ces périodes, le froid se fait sentir, également parce que les maisons sont souvent mal chauffées.
Le record de froid est -5,5 °C et a été enregistré en décembre 1970. De 2000 à 2020, le minimum extrême a été de -2,5 °C, enregistré en mars 2004.
La neige à San Javier est un phénomène très rare, mais pas impossible. En janvier 2017, après de nombreuses années, une légère chute de neige s'est produite.

L'été, de juin à mi-septembre, est chaud et ensoleillé. Pendant la journée, la brise souffle, procurant un certain soulagement, mais les nuits sont étouffantes. Il peut également y avoir des périodes très chaudes, généralement de courte durée, pendant lesquelles la température atteint 35/36 °C. Plus rarement, elle peut atteindre des valeurs plus élevées, par exemple, elle a atteint 38 °C en juin 2012, et 39,5 °C en juillet 2015 et début septembre 2016.



Il y a en moyenne environ 2 660 heures de soleil par année. Voici la moyenne des heures d'ensoleillement par jour.

La température de la mer varie entre 15 °C et 26 °C. La mer est assez chaude pour la baignade de juillet à septembre ; en juin, elle est encore fraîche. Voici les températures moyennes de la mer.

Quand partir

Le meilleur moment pour des vacances de plage à San Javier est l'été, de juin à août. Pour la baignade, la meilleure période est de juillet à septembre, cependant à partir de septembre, qui dans l'ensemble est encore un bon mois (en particulier dans la première moitié), on commence à voir les premières perturbations atlantiques. Mai et juin sont des mois ensoleillés, mais la mer est encore un peu fraîche, surtout en mai, quand elle est en fait un peu froide.
Pour visiter la ville, on peut choisir la période de début avril à mi-juin.