Le climat d'Ambon est équatorial, chaud, humide et pluvieux toute l'année, bien que les pluies soient plus rares d'octobre à avril et très fréquentes et abondantes de mai à septembre, lorsque la mousson du sud-est souffle, qui sur les îles de la Sonde est sec, mais ici elle apporte des pluies car elle est chargée d'humidité en passant sur la mer de Banda. Par conséquent, la période la plus pluvieuse est à l'opposé d'une grande partie de l'Indonésie.
La ville est située à 3 degrés de latitude sud, sur l'île du même nom, et est la capitale des Moluques (ou Maluku), îles centrales de l'Indonésie.
Étant proche de l'équateur, Ambon n'est pas affectée par les cyclones tropicaux.