Le climat de Salzbourg est modérément continental, avec des hivers froids et des étés assez chauds.
La ville est située près de la frontière allemande, juste au nord des Alpes et à 425 mètres d'altitude.
En automne et au printemps, et parfois aussi en hiver, un fort vent de foehn peut souffler du sud, depuis les Alpes. En été, par contre, il peut y avoir des rafales de vent pendant les orages.
L'hiver est froid et gris. Dans les périodes de haute pression, du brouillard peut se former. Les chutes de neige sont assez fréquentes. En moyenne, il tombe 110 cm de neige par an.
Parfois, il peut y avoir des vagues de froid, dans lesquelles les températures peuvent descendre jusqu'à -15 °C ou même au-dessous. La température est tombée à -31 °C en février 1956, à -27 °C en janvier 1963, à -23 °C en janvier 1966, à -25 °C en janvier 1985, à -22 °C en février 1986, à -24 °C en janvier 1987, à -21,5 °C en décembre 1996 et janvier 2000, et à -21 °C en février 2012.
En été, les températures sont généralement agréables et se prêtent aux activités de plein air, bien qu'il puisse parfois y avoir des pluies et des orages.
Cependant, il y a aussi des périodes très chaudes, avec des maximales pouvant dépasser 33 °C. La température a atteint 38 °C en juillet 1983, 36 °C en août 2003, 36,5 °C en juillet 2009, 37 °C en juillet 2013, et 36 °C en août 2017.
La température moyenne du mois le plus froid (janvier) est de -0,4 °C, celle du mois le plus chaud (juillet) est de 19 °C. Voici les températures moyennes.

Les précipitations totalisent 1 185 mm par an : elles sont donc assez abondantes. Salzbourg se trouve dans une position propice aux orages d'été. En juillet, le mois le plus pluvieux, il tombe plus de 150 mm de pluie, et le total dans les trois mois d'été (juin, juillet et août) est de 465 mm. Voici les précipitations moyennes. Voici les précipitations moyennes.

Il y a en moyenne environ 1 700 heures de soleil par année. Voici la moyenne des heures d'ensoleillement par jour.

Quand partir

La meilleure période pour visiter Salzbourg va de la mi-mai à la mi-septembre, étant la plus chaude et la plus ensoleillée de l'année. Parfois, il peut faire très chaud en juillet et en août, mais dans d'autres circonstances, la nuit, il peut faire frais ou même un peu froid même dans ces mois, de sorte qu'il peut être utile d'apporter un sweat-shirt ou un pull et une veste légère pour le soir.