Le climat de Santa Cruz das Flores est océanique tempéré, avec des hivers doux et pluvieux, et des étés agréablement chauds.
La ville est située sur l’île de Flores, la plus au nord-ouest des îles des Açores (avec l'îlot Corvo), à 39 ° de latitude nord. Le plus haut sommet de l'île est le Morro Alto, 914 mètres de haut.
Le climat est similaire à celui des autres îles des Açores, mais il est encore plus pluvieux et moins ensoleillé. De plus, les journées froides en hiver sont un peu plus fréquentes. En janvier 1985, la température est tombée à 2,1 °C, tandis qu'en mars 1991, elle est tombé à 3,4 °C.
En hiver, il y a plusieurs périodes pluvieuses et venteuses. Même si la température n'est pas basse, le vent peut augmenter la sensation de froid. Il est rare qu'il fasse froid, cependant, il peut parfois y avoir des jours relativement froids, avec des minimales de 5/6 °C et des maximales d'environ 12/13 °C.
En été, il y a des périodes qui ressemblent au printemps, lorsque le temps est variable et qu'il y a des pluies intermittentes. Mais parfois de courtes périodes chaudes peuvent se produire, qui ressemblent à l'été méditerranéen, avec des minimales autour de 23/24 °C et des maximales autour de 28/29 °C.
Le printemps et l'automne sont des saisons douces et pluvieuses.
Le record de froid (de la période 1971/2000) est de 2,1 °C, le record de chaleur est de 30 °C.
La température moyenne du mois le plus froid (février) est de 14,1 °C, celle du mois le plus chaud (août) est de 22,8 °C. Voici les températures moyennes.

Les précipitations totalisent 1 665 mm par an : elles sont donc abondantes. Dans le mois le moins pluvieux (juillet) il tombe 60 mm de pluie, dans le plus pluvieux (décembre) il tombe 225 mm. Voici les précipitations moyennes.

Il y a en moyenne environ 1 390 heures de soleil par année. Le soleil est donc rarement vu. Voici la moyenne des heures d'ensoleillement par jour.

La température de la mer varie entre 16 °C et 23 °C. La mer n’est jamais très chaude, mais elle est assez chaude pour se baigner de juillet à septembre. Voici les températures moyennes de la mer.

Quand partir

La meilleure période pour visiter Flores va de juin à août, étant la plus chaude mais surtout la moins pluvieuse de l'année. On peut aller aussi au mois de mai, mais les jours frais et pluvieux sont plus fréquents.
Même en été, il est préférable d'apporter un sweat-shirt, et peut-être une veste légère pour la soirée.