À Malindi (et dans le village voisin de Watamu), le climat est tropical, chaud toute l'année, avec une saison plus fraîche de juin à septembre, quand les températures diurnes sont autour de 27/28 °C, et une saison chaude et humide de novembre à avril, quand les températures diurnes sont juste au-dessus de 30 °C, avec mai et octobre comme mois intermédiaires. La température à Malindi varie peu au cours de l'année, mais les différences sont suffisantes pour rendre étouffante la période la plus chaude, dont le pic est atteint en avril, au début de la saison des pluies. La chaleur est toutefois tempérée par la brise.
Voici les températures moyennes.
Températures moyennes - Malindi
MalindiJanFévMarAvrMaiJuiJuiAoûSepOctNovDéc
MalindiJFMAMJJASOND
Min (°C)232424242323222222222323
Max (°C)313132312928272728303131

En ce qui concerne les précipitations, elles ne sont pas particulièrement abondantes, étant donné qu'elles se situent autour de 1.000 millimètres par an, cependant, il y a deux saisons des pluies, liées aux deux passages annuels du soleil à son zénith, comme il arrive souvent à l'équateur. La présence de la mer, toutefois, complique un peu la situation. Les pluies sont abondantes d'avril à juin, dans la "saison des longues pluies", et atteignent un maximum en mai, d'environ 300 mm. Pendant quelques années, les pluies peuvent être torrentielles, et causer des inondations et des pannes de courant, comme en mai 2012.
De juillet à septembre il y aurait une saison sèche, mais les alizés du sud-est, dominant dans cette saison, génèrent quelques orages, car les vents viennent de la mer, d'où ils recueillent la chaleur et l'humidité, en particulier dans la première partie, à savoir en juillet, lorsque la mer est plus chaude.
De décembre à mars il y a une autre saison sèche, lorsque les averses sont rares, surtout en janvier et février, qui sont les mois les plus secs de l'année, où il ne pleut presque jamais.
En octobre et novembre il y aurait la seconde saison des pluies, ou "saison des petites pluies", qui est plus évidente dans d'autres régions du Kenya, bien qu'il y ait une certaine variabilité selon les années, donc pendant quelques années les pluies sont abondantes, comme cela est arrivé en octobre et novembre 2009, quand il y a eu des inondations.
Voici la moyenne des précipitations.
Précipitations moyennes - Malindi
MalindiJanFévMarAvrMaiJuiJuiAoûSepOctNovDécAnnée
MalindiJFMAMJJASONDAn
Préc. (mm)1015351653001559065457075351060
Jours223111712129766390

Le degré d'ensoleillement est bon toute l'année, sauf dans la saison des longues pluies, qui, comme son nom l'indique, ont tendance à durer plus longtemps, par rapport aux averses et orages qui peuvent survenir pendant la période des "petites pluies" ou dans le reste de l'année. Par conséquent, la période la plus ensoleillée va d'août à mars, quand il y a environ 9 heures de soleil par jour.
Ensoleillement - Malindi
MalindiJanFévMarAvrMaiJuiJuiAoûSepOctNovDéc
MalindiJFMAMJJASOND
Soleil (heures)999878899999

Malindi est située près de l'équateur, elle est donc à l'abri des cyclones tropicaux, comme le reste du Kenya.

Malindi
 
Pour la baignade, la mer est chaude toute l'année, étant donné que la température ne descend jamais au-dessous de 25 °C, ce qui arrive en août, comme on peut le voir dans le tableau suivant.
Température de la mer - Malindi
MalindiJanFévMarAvrMaiJuiJuiAoûSepOctNovDéc
MalindiJFMAMJJASOND
Mer (°C)282829292827262526262828

Quand y aller

Les meilleurs mois pour se rendre à Malindi sont août et septembre, étant les plus secs parmi ceux qui se trouvent dans la saison fraîche. Dans cette période, la température est agréable, même s'il y a une brise vive, qui peut rendre un peu agitée la mer. De décembre à mars il y a du soleil et les pluies sont rares, mais la chaleur se fait sentir; en retour, la mer est plus calme.
Le pire moment est celui des longues pluies, d'avril à juin; par mesure de précaution, même octobre et novembre peuvent être évités, parce que pendant quelques années ils peuvent être très pluvieux.